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la preparación de muestras es una de las más críticas parte del sexo el objetivo de la preparación de muestras es extraer el metaboloma de pequeñas moléculas de un dado biológico muestra mientras se eliminan los antecedentes de grandes moléculas provenientes de las proteínas y también de la sal y otros iones que pueden interferir durante el análisis de espectrometría de masas el metaboloma que es la colección de todos los metabolitos de pequeñas moléculas en un dado biológico sistema es muy dinámico lo que significa que puede cambiar en minutos o en segundos esto significa que si las muestras no se recogen, procesan y almacenan adecuadamente los datos obtenidos pueden no ser un verdadero representante de las muestras en el momento de la recolección muchos factores como el tipo de muestra método de recolección protocolo de extracción de muestras como almacenamiento deben ser considerados durante el diseño experimental aún antes de que comience la recolección de muestras además de esto la recolección y procesamiento de muestras pueden requerir capacitación y equipo especializado algunos de los cuales
