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La barra de herramientas principal en ChemDraw incluye un lazo y un marco para selección, herramientas de fragmentación para dividir moléculas, y perspectiva de estructura para orientación 3D. La herramienta de texto añade etiquetas o texto a los dibujos, y la herramienta de borrado puede eliminar enlaces. Los enlaces sólidos representan estereoquímica, y hacer clic en un átomo coloca enlaces cerca de ángulos de 120 grados. Arrastrar un átomo permite una colocación precisa de enlaces.
