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La región de ADN que está presente en dos copias en el genoma, mientras que el ensayo objetivo se dirige a la región de interés que puede tener números de copia variables. Al comparar las señales fluorescentes de los ensayos objetivo y de referencia, se puede determinar el número de copias de la región de interés. Este método es altamente preciso y eficiente para detectar variaciones en el número de copias en muestras de ADN y tiene aplicaciones en investigación y diagnósticos clínicos para identificar factores genéticos asociados con enfermedades y fenotipos.